El jugador controla al héroe característico de la serie, Link , en la tierra de Hyrule . Link emprende una búsqueda para impedir que Ganondorf , rey de la tribu Gerudo , obtenga la Trifuerza , una reliquia sagrada que concede los deseos de su poseedor. Link viaja de un lado a otro en el tiempo y navega por varias mazmorras para despertar a los sabios que tienen el poder de sellar a Ganondorf. La música juega un papel importante: para progresar, el jugador debe aprender a tocar e interpretar varias canciones en una ocarina .