En el primer nivel jugarás como Darth Vader y viajarás a Kashyyyk y encontrarás a un joven llamado Galen Marek, que se convertirá en su aprendiz secreto.Jugarás como el aprendiz secreto de Darth Vader, enviado por toda la galaxia para ayudarle en la Gran Purga Jedi a exterminar a los últimos Jedi supervivientes el primero será un Jedi llamado Rahm Kota que tiempo después será su maestro.Aparecen personajes como Shaak Ti, Juno Eclipse, Maris Brood (la aprendiz de Shaak Ti), PROXY, y El Emperador.La historia gira alrededor de la redención, pero muy probablemente sólo si decides seguir el lado luminoso.En el juego transcurrirán varios años.3Los padres del Aprendiz Secreto vivieron en Kashyyyk durante la Purga Jedi; su madre fue asesinada defendiendo a los wookiees de los esclavistas trandoshanos, y su padre fue asesinado por Darth Vader (o Starkiller, ya que el mismo lo asesina y muere en sus brazos revelando que es su padre en una prueba jedi).El Aprendiz Secreto lucha al menos contra tres Jedi y cuatro Sith en el juego: Rahm Kota en una instalación para la construcción de Cazas TIE en Nar Shaddaa; Darth Desoulus y su aprendiz Darth Phobos en Coruscant (solo en las consolas PS2, PSP y Wii), Shaak Ti y Maris Brood en Felucia, Kazdan Paratus en Raxus Prime y al final del juego contra el emperador Palpatine y Darth Vader.Tienes dos finales a elegir: unirse al Lado Oscuro o seguir al Lado Luminoso.